RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)

RAPD merupakan teknik yang paling banyak digunakan, karena memiliki beberapa keunggulan dibanding dengan teknik yang lainnya.

RAPD merupakan modifikasi dari teknik PCR (Polymerase Chain Reaction), yaitu suatu teknik molekuler yang dapat memperbanyak satu atau lebih bagian DNA hingga jutaan kali secara cepat dan tepat (Sentra Biosains Dinamika, 2008). Pola pita DNA dapat dilihat setelah melalui elektroforesis dan disinari dibawah UV. Pola pita tersebut berpeluang berbeda satu sama lainnya, yang menunjukkan adanya variasi genetik (Prakoso et al., 2004).

RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) adalah metode untuk mendeteksi dengan cepat genomic polymorphisms. Teknik ini menggunakan oligonukleotida primer tunggal dan pendek yang akan menempel secara acak dalam proses PCR, menghasilkan serangkaian produk untuk dianalisis dengan gel elektroforesis (Sentra Biosains Dinamika, 2005) .

Teknik RAPD pada dasarnya sama seperti pada PCR, bedanya dalam RAPD hanya menggunakan satu primer yang hanya terdiri dari sepuluh pasangan basa (Sentra Biosains Dinamika, 2008). Pada PCR, polimerisasi DNA hanya dapat dimulai jika terdapat primer. Yuwono (2007) menyatakan, primer berfungsi untuk mengawali proses polimerisasi untaian DNA. Molekul primer dapat berupa molekul DNA atau RNA, atau bahkan protein spesifik. Biasanya, pada PCR primer yang digunakan adalah molekul DNA.

Prosedur dasar PCR dalam sintesis DNA menurut Sentra Biosains Dinamika (2008), terdiri dari 6 tahap, yaitu:

  1. Pengawalan, adalah tahap pemanasan pada suhu 94-96 oC, yang dilaksanakan selama 1-6 menit.
  2. Pemisahan, merupakan putaran pertama dengan pemanasan pada suhu 94-98 oC, selama 20-30 detik, yang menyebabkan pemisahan DNA templat dan primer dengan pelepasan ikatan hidrogen antara basa komplementer pada untaian DNA, yang menghasilkan untaian DNA tunggal.
  3. Penempelan. Pada tahap ini, suhu diturunkan pada 50-65 oC selama 20-40 detik yang diikuti dengan penempelan primer pada DNA templat tunggal. Polimer terikat pada primer-templat, dan dimulai sintesis DNA.
  4. Pemanjangan. Pada tahap ini, DNA polimerase mensintesis untaian DNA baru yang melengkapi untaian DNA templat.
  5. Pemanjangan akhir. Pada tahap ini digunakan suhu 70-74 oC selama 5-15 menit setelah putaran PCR terakhir untuk memastikan sisa DNA tunggal telah  mengalami pemanjangan.
  6. Pengakhiran, pada tahap ini suhu yang digunakan adalah 4-15 oC.

RAPD dapat digunakan untuk berbagai bidang diantaranya analisis keanekaragaman, hubungan antar filogenetik, identifikasi dan perifikasi galur, kesehatan dan epidemiologi, teknologi pangan dan ekologi molekuler, juga dapat digunakan untuk penelitian bakteri, jamur, alga, serangga, tanaman dan manusia (Sentra Biosains Dinamika, 2005). RAPD memiliki kelebihan sebagai berikut: (a) digunakan secara umum, karena DNA apa saja yang sama dapat dikelompokkan tanpa perlu mengetahui urutan DNA-nya; (b) sederhana, yang berbeda dengan AFLP atau sidik jari DNA secara tradisional, dimana RAPD tidak memerlukan DNA dalam jumlah besar, atau banyak bekerja dengan pipet, dan tidak memerlukan tenaga yang besar; dan (c) cepat, karena hanya memerlukan waktu 6-8 jam.

Menurut Arisetianingsih (2006), RAPD mempunyai keterbatasan, salah satunya adalah tidak dapat membedakan individu homozigot dan heterozigot karena bersifat sebagai penanda dominan. Adanya perubahan sekecil apapun dalam reaksi dapat mengubah jumlah dan intensitas produk amplifikasi sehingga keterulangan sulit untuk dipertahankan. RAPD telah digunakan untuk mengklasifikasikan strain dan spesies Xanthomonas spp. seperti X. albilineans, X. fragariae, X. maltophilia dan X. campestris pv. pellargonii (Gupta et al., 2001).  Selain itu, RAPD dapat juga digunakan untuk mendeteksi variasi genetik baik organisme prokariot maupun eukariot.

8 thoughts on “RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)

  1. apakah ada teknik yang lain, buat bisa ngebedain anatara homozigot dan heterozigot yang menandakan dominan resesifnya suatu organisme???

  2. Malam.. saya enjela mahasiswi al – azhar.. saat ini saya sdg menuntaskan study saya dgn mengambil penelitian tentang RAPD Pisang..

    Mohon bantuannya.. soalnya saya kurang mengerti tentang RAPD.. Apa ada artikel atau buku yg bs saya baca. karena kebanyakan literatur yg saya baca memaiaki bhs. inggris. dan agak sedikt sulit dmengerti

    terima aksih

    1. sama2 mbak nour enjela, sepertinya ada juga beberapa teman saya yang mengambil penelitian RAPD, nanti saya coba cari info lebih lebih lengkapnya.

  3. Asw.saya fitri mahasiswi IPB, salam ta’aruf. saya yang sedang penelitian terkait RAPD.saya merujuk studi literatur evan, daftar pustakanya bisa dicantumkan tidak untuk jadi sumber referensi? jzkllh

  4. wslm. mohon maaf baru di balas, agak jarang buka blog. Begini mbak. kebetulan laptop saya rusak kena mother board and semua data hilang.

  5. asslm,makasih atas info yg diberikan…saya lagi dpt tugas untuk menyusun proposal pengembangan lab pemuliaan. butuh bahan mengenai PCR, RAPD dkk,pengetahuan saya mengenai RAPD msh sgt minim.oiya tahap paling awalnya itu bagaimana???makasih

Silahkan tinggalkan komentar

Isikan data di bawah atau klik salah satu ikon untuk log in:

Logo WordPress.com

You are commenting using your WordPress.com account. Logout / Ubah )

Gambar Twitter

You are commenting using your Twitter account. Logout / Ubah )

Foto Facebook

You are commenting using your Facebook account. Logout / Ubah )

Foto Google+

You are commenting using your Google+ account. Logout / Ubah )

Connecting to %s